Игра повествует об Алексе Шепарде, который возвращается в туманный город Шепардс-Глен. Дома он приступает к поискам своего пропавшего брата Джошуа, которые приводят его в Сайлент Хилл. Попадая в альтернативные реальности, Алекс и его спутники сталкиваются с многочисленными монстрами.