Сюжет «S.T.A.L.K.E.R.: Чистое Небо» переносит игроков за год до событий оригинальной игры S.T.A.L.K.E.R. в 2011 год. Группа сталкеров впервые подобралась к самому сердцу Зоны — Чернобыльской АЭС, спровоцировав катаклизм, который едва не привел к катастрофе.