По сюжету Amnesia: The Bunker, главный герой, французский солдат Анри Клеман, оказывается в заброшенном бункере времён Первой мировой войны с одним патроном в револьвере. Ему предстоит выбраться на свободу, столкнувшись с «гнетущими ужасами темноты». Одной из важных особенностей The Bunker станет «частично открытый мир», рассказали разработчики. За счёт него игроки смогут сами выбирать, как им исследовать локации, и какие пути выбирать для того, чтобы остаться в живых.

За счёт открытости мира, игроки смогут решать возникающие перед ними задачи различными способами. Сюжет The Bunker будет меняться в зависимости от того, какой выбор сделают игроки.