Перед началом сюжета на игрока выходят ассасины настоящего и просят найти в памяти Арно, Мудреца. Сюжет разворачивается вокруг молодого ассасина Арно Виктора Дориана. Его отца убили, когда он был ещё маленьким. В тот же день он знакомится со своей будущей возлюбленной Элизой де ла Серр. Через много лет он становится свидетелем убийства её отца, Великого магистра ордена Тамплиеров Франсуа де ла Серра.